اولویتهای پژوهشی مرکز تحقیقات علوم دارویی دربرگیرنده محورهای زیر است:
۱. فناوریهای پیشرفته دارویی و مهندسی زیستپزشکی
۲. شیمی دارویی و نوآوریهای تحلیلی، تولید مواد اولیه در داخل کشور و روشهای مبتنی بر هوش مصنوعی
۳. سمشناسی انتقالی و ایمنی زیستپزشکی با تمرکز بر سلامت محیطزیست، پیری سلولی، اپیژنتیک، ارزیابیهای مقرراتی و فناوریهای پیشبینیکننده.