تغییرهای اپی ژنتیک بسیاری وجود دارد که سبب می شوند از روی ژن هایی رونویسی شود یا نشود و به چه مقدار رونویسی شود. نشانگرهای اپی ژنتیک که ژن ها را غیر فعال می کنند عبارتند از افزودن متیل به موقعیت هایی خاص در دم هیستون ها  این تغییر شیمیایی را تعدادی آنزیم تغییر دهنده هیستون انجام می دهند و سپس تنظیم گرهای کروماتین آن را شناسایی می کنند. شواهدی وجود دارد که نوع خاصی از مولکول های RNA که نقش رونوشت را ندارند، این آنزیم ها را تنظیم می کنند. بسیاری از تغییرهای هیستون که ژن ها را غیر فعال می کنند با تغییرهای اپی ژنتیک دیگر معکوس می شوند. اما افزودن متیل به DNA سبب تغییر پایدار و ارث پذیر در بیان ژن می شود. افزودن متیل به DNA اغلب در خوشه هایی با جزیره های سیتوزین (جزیره های CpG) رخ می دهد که بطور معمول در پروموترهای ژن (پیش برنده های رونویسی از ژن) قرار دارند.