بر اساس گزارش «رتبه‌بندی عملکرد مقاله‌های علمی دانشگاه‌های جهان» یا «رتبه‌بندی دانشگاه ملی تایوان» در سال 2021، دانشگاه علوم پزشکی تهران با 59 پله ارتقا نسبت به سال گذشته در جایگاه 368 جهانی قرار گرفت. در این رتبه بندی دانشگاه علوم پزشکی تهران بعد از دانشگاه تهران در رتبه دوم کشوری قرار دارد.

همچنین رشته Pharmacology & Toxicology با کسب رتبه 17 بالاترین رتبه را در بین موضوعات مورد ارزیابی کسب کرد. جدیدترین رتبه گزارش شده برای این رشته، بهترین رتبه از سال 2012 تا کنون بوده است به طوریکه از رتبه 115 در سال 2012 و رتبه 113 در سال 2013 به رتبه 17 در سال 2021 رسیده است. بعد از Pharmacology & Toxicology دانشگاه علوم پزشکی تهران، رشته مهندسی مکانیک دانشگاه تهران با رتبه 24 قرار گرفته است.

لازم به ذکر است بر پایه این گزارش، ۱۲ مؤسسه ایرانی در لیست ۸۰۰ مؤسسه برتر جهان هستند. دانشگاه‌های تهران، علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران، علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی ایران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، صنعتی امیرکبیر، علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید بهشتی، صنعتی نوشیروانی بابل، صنعتی اصفهان، تبریز، علم و صنعت ایران، و علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی مشهد در میان ۸۰۰ مؤسسه برتر جهان جای دارند.

دانشگاه ملی تایوان از سال ۲۰۰۷ دانشگاه‌های جهان را بر اساس کمیت و کیفیت عملکرد آنها در مقالات علمی مورد رتبه‌بندی قرار می‌دهد و هر ساله ۵۰۰ دانشگاه برتر جهان را معرفی می‌کند.